郑森牵线与海商合作的提议，如同一块投入平静湖面的石头，在格物院和议会内部都激起了不小的波澜。支持者认为这是打破资源困局的务实之举；反对者则忧心忡忡，担心此举会开“官商勾结”、“技术外流”的恶例，授都察院以柄。王贞仪力排众议，在与顾炎成等核心议员密商后，决定采纳此策，但划定严格红线：只限于物料与基础工匠支援，核心技术与菌种培养绝不容触碰。
经由郑森谨慎筛选，最终选定了两家背景相对干净、与西洋人打交道不多且素有信誉的闽南海商——主要经营南洋香料贸易的“陈记商行”与专营日本硫磺、铜料的“林家船帮”进行初步接触。谈判在极其隐秘的状态下进行，地点设在了城外一座隶属于郑家（郑森家族）的别业。
陈记的少东家陈永禄是个精明干练的年轻人，对格物院的新奇事物早有耳闻；林家船帮的代表则是帮主林风的胞弟林火，性格豪爽，更看重实际利益。王贞仪并未亲自出面，由李仲景与郑森一同主持。
谈判桌上，李仲景直接摊开了部分非核心的物料清单和工匠需求。陈永禄仔细翻阅，沉吟道：“李学士所需之楠木、锡料、以及懂得精细木工与铜器打造的工匠，我‘陈记’倒是可以筹措。只是……如今海路不靖，运费高昂，且工匠离乡，薪俸也需加倍。不知格物院能以何物相抵？”
林火更直接，他拍了拍清单：“硫磺、精铜，我林家手上就有现成的，工匠也有！但咱们跑船的，讲究个现银现货，或者，等价的好货也行！”
郑森接过话头，沉声道：“两位，此番并非寻常买卖。青霉素此物，能活人无数，于国于民，功德无量。朝廷虽一时困于物料，然此工坊乃陛下钦点，太医院与军方皆寄予厚望。今日二位雪中送炭，他日工坊产出，于二位商誉，乃至日后与官府、军方打交道，岂非善缘？” 他巧妙地将长期利益与商誉价值点了出来。
李仲景则给出了更具体的条件：“物料与工匠费用，格物院可按市价八成，以未来一年内青霉素工坊产出的一成份额优先、平价采购权相抵。此外，工坊建成运作后，两位东家及其直系亲属，若遇危疾，可优先获得用药。” 他知道，对于这些富商而言，后者或许比前者更具吸引力。
陈永禄与林火交换了一个眼神。他们固然看重经济利益，但郑森提到的“军方”、“太医院”以及那能“活人无数”的神药优先使用权，更让他们心动。这代表着通往更高层人脉和一份生命保障的潜在通道。
“此事关系重大，需容我等与家中长辈商议。”陈永禄谨慎回应。
林火却更爽快些：“只要契约写得明白，保证咱们的东西和人都用在正道上，别被糊弄了，我看可行！不过，咱们派去的工匠，你们可得保证不能亏待，也不能扣着人不放！”
经过数轮讨价还价，以及郑森暗中对两家背景的更深入核查，最终，格物院与陈记、林家分别签订了为期两年的秘密契约。契约规定，两家负责提供指定规格的木材、金属及二十名熟练工匠，格物院则以其承诺的优先采购权和用药保障作为回报，并保证不涉及核心技术泄露，工匠待遇从优，工期结束后去留自由。
契约签订后，效果立竿见影。不到半月，第一批来自林家的优质硫磺（用于消毒）和精铜，以及陈记招募的十余名擅长细木工和铜器制作的工匠，便陆续抵达南京城外正在兴建的青霉素工坊。这些民间工匠手艺精湛，吃苦耐劳，在格物院学士的指导下，很快便投入到“净菌匣”部件的加工与工坊房舍的建造中，进度大大加快。
然而，世上没有不透风的墙。尽管此事做得隐秘，但大量民间工匠和物料的异常调动，还是引起了一些有心人的注意。都察院李守俊很快便收到了风闻，他冷笑连连，并未立刻发作，只是吩咐手下：“仔细盯着，搜集证据。待其工坊建成，投入日巨之时，再行弹劾，方可一举而定！届时，‘靡费国帑、勾结商贾、技术外泄’三罪并罚，看那王贞仪如何辩解！”
王贞仪自然也明白其中的风险。她严令李仲景，必须将核心的菌种培养室、提纯最后工序区域划为禁区，由格物院嫡系人员亲自负责，严禁任何外包工匠靠近。同时，所有往来账目，皆由议会审计工作组派员独立核算，力求清晰可查，以备质询。
这是一场走在钢丝上的合作。借助海商的力量，青霉素量产之路上的物资与人力障碍得以初步扫清，工坊的轮廓在南京城外一天天清晰起来。但与此同时，一根由李守俊精心编织的绞索，也正在暗中缓缓收紧。合作的蜜月期或许短暂，随之而来的风暴，恐怕将更加猛烈。王贞仪站在初具规模的工坊地基前，看着忙碌的工匠们，心中没有多少喜悦，只有如履薄冰的审慎。她深知，真正的考验，或许才刚刚开始。
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